Tháng 10/1957, Bộ Giao thông Vận tải đã thành lập đơn vị KSTK đường thuỷ đầu tiên, tiền thân của ngành Cảng – Đường thuỷ và của Công ty Tư vấn Xây dựng Cảng-Đường thuỷ sau này.
Tháng 4/1961, Bộ ra quyết định thành lập Viện Thiết kế Thuỷ-Bộ chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Bộ. Trong Viện có Phòng đường thuỷ, chính những cán bộ, kỹ sư trong Phòng là những hạt nhân đầu tiên xây dựng nên nền móng của ngành Cảng – Đường thuỷ.
Cuối những năm 50, Đội khảo sát 6 (nay là Đoàn khảo sát 6) thuộc Công ty hiện nay được thành lập. Đội khảo sát 6 là một trong những đơn vị đầu tiên chuyên làm nhiệm vụ khảo sát thuỷ văn, địa hình sông, biển có cơ sở tại Hải Phòng. Đội khảo sát 6 có nhiều đóng góp vào việc xây dựng và đào tạo đội ngũ Công nhân lành nghề cho Đoàn KS 6 ngày nay.
Ngày 27/12/1962 Bộ GTVT đã thành lập Viện thiết kế trực thuộc Bộ trong đó Phòng Đường thuỷ thuộc Viện được thành lập và chia làm 3 tổ là: Tổ Đường thuỷ; Tổ Cảng; Tổ Thiết kế triền.
Năm 1965 do chiến tranh, để gọn nhẹ về tổ chức Phòng Đường thuỷ và Phòng Nhà được sát nhập thành 1 phòng thống nhất.
Năm 1970, Viện lại ra quyết định tách thành 3 phòng riêng biệt: Phòng Đường thuỷ; Phòng Cảng; Phòng Nhà.
Ngày 17/10/1978 Viện khảo sát thiết kế Đường thuỷ ra đời, từ thời gian đó 3 Phòng TK với các đơn vị khảo sát (Đoàn 6, Đội khảo sát 7) thành các đơn vị sản xuất chính của Viện.
Tháng 12/1982 Bộ GTVT ra quyết định sát nhập hai Viện thành Viện TK GTVT. Sau sự kiện quan trọng này đã đánh dấu sự ổn định tổ chức, thống nhất quản lý của Bộ đối với ngành KSTK nói chung và ngành Cảng – Đường thuỷ nói riêng.